L'abbazia di San Zeno fu eretta nel IX secolo sui resti di un monastero preesistente, le cui origini risalgono al secolo IV. Dell'abbazia rimangono la torre ed alcuni chiostri che ora fanno parte della basilica di San Zeno. L'abbazia fu molto importante sia per la storia di Verona sia per i rapporti che gli imperatori tedeschi ebbero con l'Italia. Fu distrutta in epoca napoleonica e per questo non seguì la sorte delle proprietà abbaziali veronesi che al sostituirsi dei francesi con gli austriaci entrarono a far parte del demanio austriaco, a volte riscattato come nel caso di Santa Maria in Organo. Dall'inizio ottocento iniziò un periodo di dismissione dell'antica abbazia e convento benedettino, che si concluse a metà del Novecento. Dal dopoguerra in poi, furono eseguiti numerosi restauri e ripristini della torre e di parte dell'abbazia originaria, che attualmente sono visitabili e ben restaurate.