Opactwo San Zeno zostało zbudowane w IX wieku na pozostałościach wcześniej istniejącego klasztoru, którego początki sięgają IV wieku. Dziś przetrwała tylko wieża opactwa i niektóre krużganki będące obecnie częścią bazyliki San Zeno. Opactwo było bardzo ważne dla historii Werony i dla stosunków między cesarzami niemieckimi a Włochami. Został zniszczony głównie w epoce napoleońskiej i dlatego nie śledził losu innych posiadłości opactwa w Weronie, które zostały złapane przez Francuzów, zanim stały się własnością austriacką, czasami odkupywane, jak w przypadku Santa Maria w Organo. Od początku XIX wieku rozpoczął się okres usuwania starożytnego klasztoru i klasztoru benedyktynów, który zakończył się w połowie XX wieku. Od drugiej wojny światowej wykonano wiele odbudów, w szczególności wieżę i część pierwotnego opactwa, teraz całkowicie odnowione i otwarte na zwiedzanie.